Dans un monde replié dans les brouillards du temps, dont le ciel est peuplé de huit millions de dieux, l'étranger qui n'en adore qu'un n'est pas seulement un étranger. C'est une menace.

Tolède, 1579. Le père Martin Ayala reçoit l'ordre inattendu de retourner au Japon - pays où il s'est formé en tant que missionnaire - pour enquêter sur des meurtres rituels ciblant les prêtres jésuites. Ayala, considéré comme le meilleur connaisseur de la langue et des coutumes japonaises au sein de l'Église, devra découvrir les mobiles qui se cachent derrière ces assassinats. Japon, an 7 de l'ère Tenshō. Le jeune Kudō Kenjirō est choisi pour accomplir une tâche ingrate : protéger un étranger fraîchement débarqué pour élucider des crimes mystérieux. Il découvrira bientôt que des forces extérieures conspirent afin d'entraver les recherches du visiteur.

Ensemble, Martin et Kenjirō parcourront un Japon dévasté par la guerre et miné par les complots. Entre espions et samouraïs, moines guerriers et seigneurs chrétiens, pirates et contrebandiers, la lutte sera sans pitié.